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在MES系统实施过程中，由于各企业情况不同，必然会存在一些无法满足企业需求的情况，这就需要进行对MES系统的二次开发。MES需要再次通过客户化、功能增强、功能修改、本地化和接口去满足客户特定要求。固化而不僵化，唯有将系统的定义置于灵活的需求制导引擎中，不仅开发阶段如此，维护阶段也是如此。用得好的，就保留、加强，用得不好的，就去除、完善。
一、进行速达软件MES系统二次开发的必要性
从厂商的角度来看，由于MES系统功能越来越大，MES系统软件功能需要不断升级提升，一旦用户有新的需求，厂商需要重新去定义开发，牵一发而动全身。因此厂商为了适应客户需求，需要将MES系统各个模块分开定义，把一些核心的、稳定的功能沉淀在MES平台上，而把敏捷的功能一旦客户有新的模块需求，厂商只需将该模块添加即可，用户可以自主选择合适的功能。
从用户角度来说，随着企业的发展，用户需求越来越多，交付要求越来越快，而现有的功能远远不能满足现有的生产要求，随即二次开发不可避免。
二、进行MES系统二次开发的风险
1.增加系统升级难度
MES供应商会阶段性的对系统新功能进行完善与扩充，不断推出新版本。系统的升级只针对标准版，不会考虑到个性化和二次开发的部分，所以二次开发工作大部分要重新修改或者开发。
2、降低系统稳定性
成熟MES软件具有较高的稳定性。而二次开发只对单一用户，某局部的更改往往因为满足特殊需求而没有考虑对全局的影响殃及整个系统的稳定性，并且二次开发的测试和试运行时间有限，系统复杂度以及耦合度增大，降低系统的稳定性。
3、偏离企业实施MES系统的初衷
二次开发需求往往会使MES系统合理的逻辑屈服于企业固有的、习惯的工作方法，也会因提高不同部门员工使用系统的效率，而影响流程的稳定性。企业无法借鉴系统优化流程，学习先进管理模式。
4、增加MES项目的成本
二次开发只针对唯一用户，所以这些程序开发的全部成本由其承担，即使用企业自行二次开发，也要投入人力、物力，必然会增加MES项目的成本。
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